På vei hjem fra feltet i Sydishavet ble «Kosmos» 26. september 1940 kapret av det tyske krigsskipet «Thor» utenfor Walwick Bay i Namibia.
Seilingsrute hjemover for Kosmos IV i 1940
Hvalkokeriet var fullastet med 17000 tonn med hvalolje, og ferden gikk sakte på grunn av sterk begroing på skroget. Lasten var verdifull for tyskerne, men på grunn av den lave farten den holdt besluttet de å senke skipet. Mannskapet ble tatt om bord i «Thor» og «Kosmos» ble senket. Omstendighetene ved senkningen førte til at Hans Kristian blir skadet og det skulle gå to år før han var frisk igjen. Nordmennene ble 9. november overført til «Belgrano» som allerede hadde 368 allierte krigsfanger om bord. Den 13. desember ble de satt i land i Bordaux og senere overført til en fangeleir i Drancy utenfor Paris. Endelig ble de 10. april 1941 sendt til fangeleiren Marlag und Milag nordøst for Bremen.
Fangeleiren Marlag und Milag ved Bremen
De fleste av mannskapet ble herfra sendt hjem til Norge 10. mai med fangetransportskipet «D/S Donau». Hans Kristian var ikke blant dem som kommer hjem fordi han var skadet og ikke i stand til å klare turen til Norge. Familien hjemme forsøkte å bistå Hans Kristian i fangenskap, men tyske myndigheter tillot ikke slik hjelp før i 1942. Svigersønnen Lage Lilleengen sendte 30. mai 1942 henvendelse til Røde Kors om muligheter for å sende hjelp i form av matvarer. Han fikk 12. juni 1942 brev fra Røde Kors med oppgave over tillatte varer som kunne sendes.
Det er ikke kjent om slik hjelp ble sendt, men det skulle ikke ta lang tid etter dette før hvalfangeren var hjemme igjen.
Opplysningene fra «Nordmenn i fangenskap» angir at von Ahnen ble løslatt i 1941. Det riktige er at dette skjedde i 1942.